Фумигационный Отряд создан в 1962 г. Госинспекцией по карантину растений Министерства Сельского Хозяйства СССР, приказом Министерства Сельского Хозяйства Российской Федерации № 735 от 14 мая 2003 г. переименован в Федеральное Государственное Унитарное Предприятие «Республиканский Фумигационный Отряд». ФГУП «Республиканский Фумигационный Отряд» входит в структуру Федеральной службы по ветеренарному и фитосанитарному надзору и совместно с другими подразделениями карантина растений образует единую федеральную централизованную систему государственных органов, обеспечивающих карантин растений.

Основное направление деятельности ФГУП "Республиканский Фумигационный Отряд" - дезинсекция объектов любого целевого назначения, зданий, строений, сооружений, резервуаров, мест складирования, элеваторов, оборудования, транспортных средств, контейнеров, всей номенклатуры подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза) и иных объектов, которые способны являться источниками распространения вредителей запасов, карантинных объектов.