Фумигационный отряд создан в 1962 г. Госинспекцией по карантину растений Министерства сельского хозяйства СССР, приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации № 735 от 14 мая 2003 г. переименован в Федеральное государственное унитарное предприятие «Республиканский фумигационный отряд».

ФГУП «Республиканский фумигационный отряд» входит в структуру Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору и совместно с другими подразделениями карантина растений образует единую федеральную централизованную систему государственных органов, обеспечивающих карантин растений.

Основное направление деятельности ФГУП "Республиканский фумигационный отряд" - дезинсекция объектов любого целевого назначения, зданий, строений, сооружений, резервуаров, мест складирования, элеваторов, оборудования, транспортных средств, контейнеров, всей номенклатуры подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза) и иных объектов, которые способны являться источниками распространения вредителей запасов, карантинных объектов.